Шиничи Кудо — высококвалифицированный старшеклассник, известный своими исключительными способностями решать проблемы. Однажды, следя за двумя подозрительными людьми, он становится свидетелем преступления и вынужден принять экспериментальный препарат, чтобы не дать ему раскрыть то, что он видел. Проснувшись на следующий день, Шиничи обнаруживает, что он превратился в 7-летнего мальчика, но все еще обладает своим необычайным интеллектом. Чтобы скрыть свою истинную личность, Шиничи решает скрыть свою истинную личность от всех, даже от своего друга детства Ран Мори и ее отца, частного детектива Когоро Мори. Вдохновленный писателями-детективами Ронпо Эдогавой и Конан Дойлом, Синъити берет псевдоним Конан Эдогава и работает с Когоро и Ран, чтобы раскрывать различные дела из тени, разоблачая преступников и секретные организации. Раскрывая эти дела, они приближаются к раскрытию правды о наркотике, который изменил Шиничи, и организации, ответственной за его создание.